《神农本草经》又称《本草经》或《本经》，托名“神农”所作，实成书于汉代，是中医四大经典著作之一，是已知最早的中药学著作。《神农本草经》全书分三卷，载药365种，以三品分类法，分上、中、下三品，文字简练古朴，成为中药理论精髓。《神农本草经》记载了365种药物的疗效，多数真实可靠，仍是临床常用药；它提出了辨证用药的思想，所论药物适应病症能达170多种，对用药剂量、时间等都有具体规定，这也对中药学起到了奠基作用。
相传起源于神农氏，代代口耳相传，于东汉时期集结整理成书，成书非一时，作者亦非一人，秦汉时期众多医学家搜集、总结、整理当时药物学经验成果的专著，是对中国中医药的第一次系统总结。其中规定的大部分中药学理论和配伍规则以及提出的“七情和合”原则在几千年的用药实践中发挥了巨大作用，是中医药药物学理论发展的源头。
《神农本草经》系统地总结了古代医家等各方面的用药经验，对已经掌握的药物知识进行了一次全面而系统的整理。全书共计收录了365种药物，正好与一年365日相合，这倒并非巧合，而是作者有意为之的结果。事实上，当时掌握的药物数量已经远超此数，但由于受到术数思想的影响，所以从中选取了365种药物，“法三百六十五度，一度应一日，以成一岁”。
《神农本草经》不止进行了药物的搜集工作，还有意识地对所收药物进行了分门别类工作，将365种药物按照上、中、下分为三类，这被称为“三品分类法”。分类的依据主要是药物的性能功效。
《本经·序录》中即言：“上药一百二十种为君，主养命以应天，无毒，久服不伤人，”如人参、甘草、地黄、黄连、大枣等；“中药一百二十种为臣，主养性以应人，无毒有毒，斟酌其宜。”，需判别药性来使用，如百合、当归、龙眼、麻黄、白芷、黄芩等；“下药一百二十五种为佐使，主治病以应地，多毒，不可久服。”，如大黄、乌头、甘遂、巴豆等。
《神农本草经》中也蕴含着丰富而深刻的药物理论，由此奠定了药物学的理论构架。此部分内容主要见于序录部分，相当于全书总论，虽然文字并不长，只有十三条，但已经涵盖了药物学的各个方面。
《神农本草经》中对于所收录的各种药物的功效和主治疾病都进行了简要的记载与描述，这无疑是早期临床药学宝贵经验的总结。长期临床实践和现代研究都证明《神农本草经》中对于所载药物的功效认识大部分是正确的，其中许多药物至今仍然在临床广泛应用，比如人参补益、黄连止痢、麻黄定喘、常山截疟、大黄泻下等。而且各种药物主治疾病的种类也非常广泛，约有170余种，包括了内、外、妇、儿、五官等科疾病。此外，《神农本草经》中对于药物的性味、产地与采制、炮制方法，乃至用药原则和服药方法等都有涉及，极大地丰富了药物学的知识体系。
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《神农本草经》全书分三卷，载药365种，以三品分类法，分上、中、下三品，文字简练古朴，成为中药理论精髓。其集结成书年代自古就有不同考论，或谓成于秦汉时期，或谓成于战国时期。原书早佚，现行本为后世从历代本草书中集辑的。
该书最早著录于《隋书·经籍志》，载“神农本草，四卷，雷公集注”；《旧唐书·经籍志》《唐书·艺文志》均录：“神农本草，三卷”；宋《通志·艺文略》：录“神农本草，八卷，陶隐居集注。”；明《国史·经籍志》录：“神农本草经，三卷”；《清史稿·艺文志》录：“神农本草经，三卷”。历代有多种传本和注本，现存最早的辑本为明卢复辑《神农本经》（1616年），流传较广的是清孙星衍、孙冯翼辑《神农本草经》（1799年），以及清顾观光辑《神农本草经》（1844年）、日本森立之辑《神农本草经》（1854年）。
书中药味365种，当中植物药252种，动物药67种，矿物药46种。根据药物的性能和使用目的的不同分为上、中、下三品。称为“三品分类法”，以应“天地人”三才。上品一百二十种，无毒。大多属于滋补强壮之品，如人参、甘草、地黄、大枣等，可以久服。中品一百二十种，无毒或有毒，其中有的能补虚扶弱，如百合、当归、龙眼、鹿茸等；有的能祛邪抗病，如黄连、麻黄、白芷、黄芩等。下品一百二十五种，有毒者多，能祛邪破积，如大黄、乌头、甘遂、巴豆等，不可久服。这是我国药物学最早分类法，为历代沿用。当中药物经过长期临床实践和现代科学研究，证明所载药物药效绝大部分是正确的。
《神农本草经》的历史地位不可低估，它将东汉以前零散的药学知识进行了系统总结，其中包含了许多具有科学价值的内容，被历代医家所珍视。而且其作为药物学著作的编撰体例也被长期沿用，作为中国第一部药物学专著，影响是极为深远的。《本经》首次提出了“君臣佐使”的方剂理论，一直被后世方剂学所沿用，有序例（或序录）自成一卷，是全书的总论，归纳了13条药学理论。
《本经》的问世，对中国药学的发展影响很大。历史上具有代表性的几部《本草》，如《本草经集注》《新修本草》《证类本草》《本草纲目》等，都渊源于《本经》而发展起来的。药物之间的相互关系也是药学一大关键，《本经》提出的“七情和合”原则在几千年的用药实践中发挥了巨大作用。
规定了药物的剂型
《本经·序录》认为：“药性有宜丸者，宜散者，宜水煮者，宜酒渍者，宜膏煎者，亦有一物兼主者，亦有不可入汤、酒者，并随药性，不得违越。”此处一方面体现了在2000年前中药剂型已有的成就，另一方面也体现了药物剂型工艺以及对哪些药宜用哪种剂型的研究经验，如消石“炼之如膏”，术“作煎饵”，茺蔚子“可作浴汤”（外用洗剂），葡萄“可作酒”，白芷“可作面脂”，牛角、牛胆“可入丸药”，蝟皮“酒煮杀之”，露蜂房“火熬之良”，当归治“金创煮饮之”，雷丸“作膏摩，除小儿百病”，蛇蜕“火熬之良”，贝子“烧用之良”等等。此处既讲了药物炮制加工方法，同时也说明了不同药物在具体应用时要采用不同的剂型，才能更有效地发挥其治疗效果。对现今中医业医者只采用汤药成药的现象具有很大的批判性的价值。
对药物治病取效的客观评价
《神农本草经·序录》认为”凡欲治病，先察其源，先候病机，五脏未虚，六府未竭，血脉未乱，精神未散，服药必治。若病已成，可得半愈。病势已过，命将难全。”此处首先告诫人们，有病必须早治；其次强调了疾病的痊愈与否，不能完全依赖药物的作用，主要是机体的防御机能和在药物干预下机体驱邪愈病的内在能力。
强调辨证施药
《神农本草经·序录》提出“疗寒以热药，疗热以寒药，饮食不消，以吐下药，鬼疰蛊毒以毒药，痈肿疮疡以疮药，风湿以风湿药，各随其所宜。”此语不但突出了辨证施治用药的主旨，还提示在辨证施治用药的前提下，务必要辨别疾病的性质（寒、热）用药，辨别病因而审因论治（如“饮食不消”、“风湿”），辨别病情轻重并根据病情轻重而施以用药（如“鬼疰蛊毒”均为重危病证），还要辨别躯体病（如“痈肿疮疡”、“风湿症”）与内脏病（如“鬼疰蛊毒”）的差异而用药。前者用“疮药”、“风湿药”，后者用“毒药”。若通览书中365味药物的功效和主治，还可以发现，书中根据内科疾病、妇科疾病、外科疾病、五官科疾病、皮肤病等等不同病种而施以不同药物予以治疗，这些内容都充分体现了辨证施治的用药思想。
重视服药时间与疗效的关系
《神农本草经·序录》认为：“病在胸膈以上者，先食后服药；病在腹以下者，先服药而后食；病在四肢血脉者，宜空腹而在旦；病在骨髓者，宜饱满而在夜。”这说明本书作者在认真总结前人用药经验的基础上，认识到服药时间与药物疗效之间的密切关系。
践行“药有阴阳”理论的价值
《内经》首先提出了“药有阴阳”理论，《本经》对这一理论予以践行。所谓“药有阴阳”，其含义甚广。若仅从植物药与矿物药分阴阳，矿物药质地沉重而主降，属性为阴，植物药质地轻清而属阳。若就植物药而言，凡药用其花、其叶、其枝者多属阳，若用其根、其干者多为阴。如若对药物深层的内涵以阴阳分，则“阳为气，阴为味……阴味出下窍，阳气出上窍。味厚者为阴，薄为阴之阳。气厚者为阳，薄为阳之阴。味厚则泄，薄则通。气薄则发泄，厚则发热。”“气味辛甘发散为阳，酸苦涌泄为阴”，具体内容可详见于《素问·阴阳应象大论》。
药有酸、咸、甘、苦、辛五味
《本经·序例》所谓“药有酸、咸、甘、苦、辛五味”，其本义是指人们可以品尝到的药物真实滋味以及其对人体气血阴阳的作用。药物真实滋味不止五种，由于受事物五行属性归类理论的影响，于是自古至今，将药物之滋味统统纳之于五味之中，并将涩味附之于酸，淡味附之于甘，以合药物五味的五行属性归类。
药物“有寒热温凉四气”
《本经》所言药物有“寒、热、温、凉四气”。四气，即四性，是药物或食物的寒热温凉四种性质，与人们味觉可感知的五味相对而言，四气属阳， 五味属阴，也就是《素问·阴阳应象大论》“阳为气，阴为味”之意。事物之阴阳属性是可分的，“阳中有阴，阴中有阳”，故药物寒热温凉之性还可再分阴阳。温性、热性为阳，凉性、寒性属阴。热甚于温，寒甚于凉，其中只是程度的差异。温热药有微温、温、热、大热的不同量级；寒凉药有凉、微寒、寒、大寒的不同量级，如果在性质上没有寒热温凉明显的性质差异，于是就用“平”标定其性质。
认为药“有毒无毒，斟酌其宜”
《本经·序录》中“有毒无毒，斟酌其宜”指的是在临证用药时，务必要熟悉哪些药物有毒，哪些药物无毒。有毒之药，其毒性之大小及程度何如等等，然后再根据临证实际情况，斟酌用药。
认为药有“七情和合”
《本经·序录》认为：药“有单行者，有相须者，有相使者，有相畏者，有相恶者，有相反者，有相杀者。凡此七情，合和视之。”这就是药物配伍理论中“七情和合”的源头，指药物配伍中的特殊关系。
《本经》原本早已散佚。现行本大多是从《证类本草》、《本草纲目》等书所引用的《本经》内容而辑成的。由于重辑者的着眼点和取材不同，因而各种辑本的形式和某些内容有一定的差异。常见的辑本有：
1．卢复辑《神农本经》三卷（公元1602~1616年，明万历30－44年），是从《证类本草》和《本草纲目》中摘出所引的《本经》原文编辑而成。
2．孙星衍、孙冯翼同辑《神农本草经》三卷（公元1799年，清嘉庆4年），是从《证类本草》上的白字辑出。并在每条正文之后，引用了《吴普本草》《名医别录》《淮南子》《抱朴子》《太平御览》《尔雅》《说文》等古书，详加考证，引证详实，资料丰富，是较好的一种辑本。
3．顾观光辑《神农本草经》四卷（公元1844年，清道光24年）此书分序录、上品、中品、下品四部分。药品次序是依照《本草纲目》卷二所载《神农本草经》目录排列的。经文均采于《证类本草》。唐、宋类书所引有出于《证类本草》之外的，也一并辑入。
4．日本森立之辑《神农本草》四卷（公元1854年，日本嘉永7年，清咸丰4年）。依据《千金方》《医心方》《唐本草》《证类本草》《本草和名》等重辑而成。别作“考异”，附之于后。
5．王闿运辑《神农本草》三卷（公元1885年，清光绪11年）。是从《证类本草》辑出。王氏对医学和考据学都不是内行，所以此书内容是比较草率的。
6．姜国伊辑《神农本经》一册，未分卷（公元1892年，清光绪18年），根据《本草纲目》等辑成。
7.刘民叔《神农古本草经》分上下二卷（本说与逸文）（公元1948年），为诸多版本中从古医学派、本经序录、朱书墨书及前人版本互相对校等方面辨析《本经》学术源流，启后学辨章学术，考镜源流之门。
上述七种辑本，以孙、顾的辑本流传较广。这些辑本经重辑者的研究考证，基本上已接近原来的面目。
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