台湾地区立法机构预算中心指出，台当局防务部门明年度捐助防务安全研究院经费1.69亿元（新台币，下同），防务院明年度自筹资金仅600万元，占当年度收入总额占比3.42％，为近6年次低。预算中心认为防务院应适度提升自筹经费比率，减轻台当局财政负担。
预算中心报告指出，2024年台当局防务部门预算案于“防务政策规划与督导”业务计划之“奖补助费”科目，续编列捐助防务院1亿6900万元，较2023年度之1亿4250万元增加2650万元，增幅18.60％。
按“受托研究、提供服务”为防务院捐助章程明订经费来源之一，惟防务院2019至2022年度受托研究或提供服务等自筹收入占比仍相当有限，2024年度由台当局防务部门循预算程序捐助经费1亿6900万元，占该院预计收入比率达96.41％，仍高度仰赖台当局捐助经费。
报告指出，防务院定位为台当局研究智库，2018年度因初创立而无任何“受托研究、提供服务”收入，2019至2022年度虽有承接台湾地区外事部门、陆委会及台“中科院”等单位委托办理之研讨会及科研案，但是“受托研究、提供服务”收入占各年度收入总额占比最高仅到12％，自筹收入能力有限；2024年度该院预计“受托研究、提供服务”仅600万元，占当年度收入总额占比3.42％，为近6年次低。（来源：台湾《中国时报》）
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